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sábado, 15 de enero de 2011

6.3 TIPOS DE ARCHIVOS

6.3 TIPOS DE ARCHIVOS

Tipo de archivos

*     Archivos con banda.- permite crear archivos que ocupan varias particiones, distribuye los bloques de datos de forma cíclica por los discos que conforman la partición lógica.
*     Archivos virtuales.- Proporcionan un interfaz de llamadas de E/S , resuelve internamente aquellas que no son especificas de un tipo de archivo , como cambiar el tiempo de acceso.
En computación existen básicamente dos tipos de archivos, los archivos ascii y los archivos binarios. El vocablo ascii es un acrónimo para American Standard Code for Information Interchange. Es un estándar que asigna un valor numérico a cada carácter, con lo que se pueden representar los documentos llamados de Texto Plano, es decir, los que son legibles por seres humanos. Los archivos binarios son todos los demás. Como ejemplos tenemos:
Archivos binarios:
  • De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros
  • De video: .mpg, .mov, .avi, .gif
  • Comprimidos o empaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz
  • Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a
  • Procesadores de palabras: .doc
Archivos ascii
  • Archivos fuente: .f, .c, .p
  • Formatos de texto: .tex, .txt, .html
  • Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu
Dentro de los archivos ASCII de uso común por los programas de bioinformática están los siguientes:
  • De secuencias: .seq
  • De secuencias múltiples: .aln, .msf (Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o más secuencias relacionadas o no).
v  Formato PHYLIP: es un formato de secuencias de nucleótidos y de residuos de aminoácidos que se utiliza frecuentemente como formato de entrada de diferentes programas o paquetes de análisis tales como: PHYLIP (el cual le dio el nombre), LARDPLATOSPOT; entre otros. 
v  GenBank: este formato es el utilizado para los reportes de secuencias tanto de nucleótidos como de aminoácidos que se encuentran almacenados en el GenBank. Principalmente se caracteriza por proporcionar al usuario una

información bastante completa sobre la secuencia. Los programas del GCG pueden utilizar archivos obtenidos en búsquedas en el GenBank
v  EMBL: los archivos en este formato son reportes generados por la base de datos de secuencias de nucleótidos y de proteínas respaldada por el EMBL (European Molecular Biology Laboratory). Al igual que para los archivos en formatos GenBank, los archivos en este formato pueden ser utilizados por los programas del GCG, pero antes su formato debe ser cambiado al utilizado por este paquete

v  PIR: (Protein Identification Resource) este es el formato con el que son generados los archivos provenientes de la base de datos PIR

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